鉴于其研究与应用的多方面、多层次，现代海洋药物的分类也有多种方式。按医药界目前的看法，通常可提出按用途、海洋活性物质的性质和海洋药物的成品三种方式。

　　(1)按海洋药物用途可分为：预防、治疗心脑血管疾病的药物、抗癌药物、抗微生物感染药物、滋补辅助药物和其他药物五大类。

　　(2)按从海洋生物中分离提取的海洋活性物质又可分为：海洋生物抗癌活性物质、海洋生物抗菌活性物质、海洋生物抗心血管活性物质、海洋生物抗放射活性物质、海洋前列腺素、海洋辅助食品、海洋生物酶和海洋医用生物材料。

　　(3)按具体海洋药物成品还可分为：增强机体免疫功能的药品、辅助食品、抗心脑血管疾病的药物，具有抗风湿、类风湿功能的药物，抗肿瘤药物，抗过敏药物，抗病毒类药(包括抗AIDS的药物)，防治肥胖和健美用药，抗衰老及妊娠保健用药，功能紊乱调节药(包括抗抑郁、内分泌失调、性功能障碍等)和补益类营养保健药。三者之间相互交叉、相互补充，共同构成一个全面系统的海洋生物研究开发网络。